Il versante valtellinese del parco è caratterizzato da precipitazioni relativamente scarse, dovute all’orientamento est-ovest della vallata nelle sue parti inferiore e mediana ed alla protezione esercitata a nord dalle elevate catene montuose del gruppo dell’Ortles-Cevedale.
La distribuzione delle piogge è di tipo continentale, con inverni rigidi e asciutti, giornate serene ed estati fresche in cui si concentra la massima parte delle precipitazioni.
I corsi d’acqua principali, l’Adda, il torrente Frodolfo e l’Oglio, sono alimentati dalle acque di torrenti laterali che hanno inciso i versanti andando ad occupare ed approfondendo il solco delle valli glaciali.
Alla confluenza di questi corsi d’acqua laterali con il fondovalle principale, si sono formati conoidi di deiezione e piani alluvionali fertili, favorevoli sia all’insediamento di una vegetazione naturale che all’insediamento umano.
La porzione di parco ricadente nel territorio di Livigno ha la peculiarità di appartenere geograficamente al bacino imbrifero del Danubio, per cui le acque dello Spöl non scendono verso il Mare Adriatico, ma verso il Mar Nero.
I laghi alpini, di rilevante valore ecologico oltreché paesaggistico, punteggiano il territorio d’altitudine, occupando piccole conche glaciali formate da sbarramenti morenici.
Il Lago Bianco del Gavia, il Lago Nero di Trela, il Lago del Confinale, il Lago della Manzina, quello delle Rosole, i laghetti d’Alpisella sono i più importanti e caratteristici.
Nel settore bresciano sono ben noti gli otto laghetti dell’altopiano di Ercavallo ed i tredici laghi Seroti, colonizzati in parte da una vegetazione palustre ricca di alghe, briofite e fanerogame di grande rarità, che offrono, a loro volta, rifugio ad una variegata e rara microfauna di insetti, anfibi, rettili e pesci.
Non possono essere trascurati, per il settore valtellinese, i grandi laghi artificiali di San Giacomo e di Cancano, in Valdidentro, e quello di Livigno, realizzati a partire dagli anni trenta e quindi preesistenti all’istituzione del parco.
Essi, pur nella loro artificialità, costituiscono comunque un elemento ormai consolidato del mosaico paesaggistico del Parco Nazionale dello Stelvio, contribuendo non poco a determinarne il quadro ambientale, ecologico ed antropico.

I laghetti di Profa di origine glaciale
abbelliscono il paesaggio del territorio del parco.