La flora del settore lombardo del parco è estremamente varia: infatti l’escursione altimetrica tra il punto più basso, circa 1000 m in prossimità di Sondalo, e quello più alto, 3860 m sulla vetta del Gran Zebrù, unitamente ad una gran varietà di situazioni pedologiche, giaciture, esposizioni, microclimi particolari, fa sì che un gran numero di specie vegetali possano trovare il proprio habitat.
Importantissima è la flora specializzata di biotopi, quali acquitrini, stagni, rive di laghetti, torbiere, greti di fiumi. Tra le specie più rare si ricordano la primula della val Daone, sulle rupi del Gavia, la sassifraga di Vandelli in val del Braulio, la miricaria germanica nel greto del Frodolfo, il garofano dei ghiacciai in val Cedec, il semprevivo di Wulfen nei pascoli sterili, la pianella della Madonna nel Parco dei Bagni di Valdidentro, assieme a molte altre orchidee